O interior do templo de três naves, separadas por cinco tramos de arcos redondos assentes em pilares de quatro colunas enfeixadas, cujos cordões ou molduras se prolongam na decoração dos arcos; as bases são de mármore cinzento, de forma oitavada reentrante, com doze faces. Todas as colunas têm capitéis decorados, sendo os da direita com folhagens e os da esquerda com fitas e troncos; são dourados à semelhança de outros aspectos decorativos da extinta catedral.
A abóbada da nave central, toda de nervuras, assenta sobre mísulas colocadas entre os arcos das quais partem sete feixes de nervuras. Os bocetes e fechos das nervuras são esculpidos e neles se observam as armas reais portuguesas, a Cruz de Cristo, a esfera armilar, as armas de Elvas, as armas dos primeiros bispos e outros elementos heráldicos ou decorativos.
As abóbadas das naves laterais são também de nervuras, com cruzes de Cristo e motivos florais, assentando sobre mísulas; as do lado da nave central fazendo saliência nos capitéis das colunas, e as outras nas paredes laterais. Doze frestas semicirculares, sendo duas cegas, abrem-se na parte superior da nave central.
O Coro Alto tem uma abóbada de nervuras com Cruz de Cristo e dois medalhões nos bocetes. As nervuras assentam sobre mísulas, cuja decoração é de folhagens e de figuras. Um arco, semelhante ao da entrada principal delimita o seguimento da nave central. O Coro e dependências têm acesso por uma escada em espiral que se prolonga até à torre.
Numa das dependências junto ao Coro Alto, cujo tecto é de abóbada de berço, as paredes estavam decoradas com esgrafitos. No tecto florões e outros lavores ocupam o centro dos caixotões em que está dividido. Em volta das paredes vêm-se uma decoração em edículos concheados, com figuras estilizadas de influência renascentista.
Em redor de todo o corpo do templo corre um silhar de azulejos policromos, do tipo laçaria e rosas, dos inícios do sec. XVII, mandados colocar pelo Bispo D. António de Matos Noronha.
Existem na igreja doze capelas, que apresentamos agora:
Do lado da Epístola, no topo da parede da entrada, está a Capela de Santo Amaro, de que era padroeira a família Pessanha, e cujas armas, num escudo esculpido em granito azulado, estão no fecho do arco. O interior e o altar foram reconstruídos nos meados do sec. XX, subsistindo do primitivo o retábulo pintado em madeira, dos fins do sec. XVI, representando a Descida do Espírito Santo.
A segunda Capela, já no corpo da igreja, é dedicada à Sagrada Família, embora esta estatuária esteja agora no Museu de Arte Sacra anexo,; tem o arco o arco de mármore pintado, com decorações do sec. XVII de flores, frutos e festões. O retábulo é de talha dourada da mesma época, apresentando três nichos.
Segue-se a Capela das Almas, actualmente com o coração de Jesus, mandado restaurar pelo Bispo D. Lourenço de Lancastre. É de mármore de duas cores com aplicações de talha dourada barroca.
A quarta Capela é de invocação a N. Sra. Da Conceição; é do mesmo género da anterior, e, como ela foi mandada refazer pelo mesmo prelado. A tela é medíocre.
A quinta Capela é dedicada ao Senhor Jesus dos Passos. É em mármore de diversas cores tendo ao centro do um sacrário, também em mármore. A imagem sai em Semana Santa em procissão. Foi mandado construir pelo Bispo D. Baltazar de Villas-Boas em 1750.
A última capela deste lado é já no topo colateral, sendo de invocação a N. Sra. Da Soledade, cuja imagem é referida por Frei Agostinho de Santa Maria no seu Santuário Mariano de 1718. Conserva a abóbada de traça primitiva com as respectivas nervuras, tendo sido os fundos entre as nervuras cobertos por talha dourada oitocentista. Da mesma época e estilo é o retábulo, pintado e dourado, assim como os silhares. As paredes estão recobertas por tecidos. Tem uma teia de madeira entalhada. Toda a reforma desta capela se deve ao Bispo D. Lourenço de Lancastre.
Do lado do Evangelho, a partir da porta de entrada, está o Baptistério com silhar de azulejos de tipo padrão do sec. XVII, tendo ao centro a Pia de mármore, lisa. Está decorada com uma pintura em madeira representado o Baptismo de Cristo, obra regular do sec. XVII. A Capela é fechada por cancela de madeira.
A Capela seguinte foi mandada erigir em 1670, por um Elvense que do México enviou um apinel com a Virgem de Guadalupe, invocação da Capela. Tem arco de mármore pintado e retábulo de talha dourada da época.
Segue-se a Capela de Nossa Senhora, em tudo semelhante à sua fronteria. Depois a Capela de Sto. António, cuja decoração é semelhante aos seu parceiro da frente. Tem retábulo pintado em tela representando Sto. António e o Menino Jesus, atribuído a Bento Coelho.
A Capela do Santíssimo Sacramento, que se segue, tem mais fundo. Foi instituída em 1620 por D. Ana de Quental, mulher de Aires de Mendonça, que ali têm jazigo em mausoléu à direita, o qual é constituído por um edículo com arca tumular e o brasão de armas num frontão sobrepujado pela cruz. É todo em mármore e tem inscrição comemorativa. No sec. XVIII foi reformada por D. Lourenço de Lancastre. O retábulo, pintado em tela representa a Coroação da Virgem. A grade de ferro forjado dourado que fecha a Capela é do sec. XVIII, encimada pelas imagens de madeira dourada de S. Pedro, S. João Baptista, S. Lucas e S. Marcos.
A Capela seguinte, que já é colateral, conserva o nervurado primitivo, mas em parte coberto pela parede do fundo. È de invocação de N. Sra da vitória e o recheio é dos inícios do sec. XX.
A Capela Mor foi mandada construir em 1749 para substituir aquela que em 1599 os mestres Pêro Vaz e Manuel ribeiro, executaram por ordem de D. António de Matos de Noronha, que eu depois o cabido “sede-vacante” fizera demolir em 1734. é seu autor José Francisco de Abreu que trabalhara nas obras do Convento de Mafra. A Capela e o altar são de mármore de varias cores. O retábulo tem seis colunas com mísulas e capiteis muito ornamentados e frontão com a a cruz radiante. Nos lados estão dois brasões: o Pontifical e o da família dos Bispos D. Pedro e D. Baltazar de Villas-Boas. Ao centro a tela, do sec. XVIII, representando a Ascenção da Virgem é obra do pintor italiano Lorenzo Gramieri em 1749.
À direita do altar, na parede, existe um nicho com urna funerária dos bispos Villas-Boas, D. Pedro e D. Baltazar. Oranam as paredes duas tribunas com baluastradas de mármore.
Precedendo a teia de mármore que fecha a Capela Mor, ao nível das duas últimas colunas esta uma outra teia de ferro forjado do sec. XVII. Também deste material é o púlpito que se encontra do lado da Epistola.
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